Osobnego omówienia wymaga przebieg pracy zawodowej, na którą jak się okazało miała wpływ przeszłość. Szczególnie w kluczowych momentach. Mimo wysokich kwalifikacji zawodowych miał kłopoty ze znalezieniem pracy.
Kilka miesięcy po powrocie z więzienia został zatrudniony od 1 lutego 1956 r. w Szpitalu Miejskim w Nysie jako księgowy. W maju Prezydium Miejskiej Rady Narodowej mianowało Jerzego Kozarzewskiego głównym księgowym w szpitalu. Na początku 1958 r. w wyniku przeprowadzonej reorganizacji został kierownikiem Wydziału Finansowego szpitala. Jednak uwierała go ta praca. Czuł, że się w niej nie realizuje, dlatego próbował ją zmienić – kilka razy starał się o zwolnienie. W sierpniu 1957 r. chciał objąć stanowisko dyrektora Państwowej Szkoły Położnych w Nysie (przy ul. Słowiańskiej), lecz władze na to stanowisko przyjęły kandydatkę z Opola (szkołę w następnym roku przeniesiono do Opola). W szpitalu był zastępcą szefa Terenowej Obrony Przeciwlotniczej. Jednak w połowie 1957 r. dyrekcję naszła refleksja (może pod wpływem UB) i odebrano mu dostęp do tajnych planów obrony przeciwlotniczej szpitala – tak na wszelki wypadek?
1 września 1957 r. Jerzego powołano na stanowisko dyrektora Społecznego Ogniska Muzycznego. Chciał się w pełni poświęcić tej pracy – to było dla niego intrygujące wyzwanie. Wystąpił do dyrekcji szpitala z prośbą o zwolnienie z pełnionej funkcji, lecz nie uzyskał zgody, gdyż w szpitalu nie było innego księgowego. W maju 1958 r. chciał przejść na stanowisko referenta inwestycji w Spółdzielni Pracy „Cukry Nyskie”. Wszystko było już uzgodnione w spółdzielni, lecz dyrektor szpitala znowu nie wyraził zgody na jego przeniesienie, więc pracował w szpitalu do 1961 r.
Na początku 1958 r., na polecenie władz, w ramach akcji tzw. dekrucyfikacji, zostały usunięte krzyże ze szkół, szpitali i innych instytucji państwowych i społecznych (wróciły tam po Październiku 1956). Jerzy, chociaż wiedział, że jest inwigilowany, podjął się akcji przywrócenia krzyży w szpitala. W kwietniu 1958 r. zlecił salowej, aby zebrała podpisy od chorych pod petycją, w której domagali się powrotu krzyży w salach szpitalnych. Dysponując tymi listami, uzyskał zgodę dyrektora szpitala, Zb. Szczerby, na zakup krzyży (za 300 zł), i: pozawieszał je w salach szpitalnych.